首次申请申根签证的申请人必须亲自前往领事馆或外部签证服务处提交申请。生物识别数据和申根签证申请表格中提交的数据将被记录于签证信息系统的数据库中，并保留五年。在此期间内的后续申请中，旅客不需要重复指纹录入。不过有限数量的申请人可免于录入指纹，包括12岁以下儿童和身体条件不允许指纹录入的人。

该签证信息系统自2011年启用，在全球渐进式推行。该系统在中国开始使用的当天，签证信息系统也将同时在申根国驻东亚国家的所有领事馆投入使用。